As fístulas anais e os abcessos perianais pertencem a duas fases diferentes de infecção purulenta do espaço perianal. A sua fase aguda é um abcesso perianal, enquanto a fase crónica, quando o abcesso se rompe, é uma fístula anal. Por conseguinte, pode-se dizer que uma fístula anal é um ponto final do desenvolvimento de um abcesso perianal. Ocorre um abcesso perianal quando uma infecção das glândulas anais é seguida pela propagação de inflamação ao tecido intersticial que envolve o canal anal e o recto. O desenvolvimento e função das glândulas anais são principalmente regulados pelas hormonas sexuais do organismo, particularmente andrógenos. Como os andrógenos podem fazer com que as glândulas sebáceas e anais segreguem muito, se os canais anais ficarem bloqueados e o fluido anal não for drenado adequadamente e estagnar, pode ficar infectado e causar adenite anal. Esta é a principal causa da fístula anal. Nos homens, os andrógenos segregados nos seus corpos são frequentemente várias vezes mais elevados do que nas mulheres, pelo que a incidência da fístula anal é maior nos homens do que nas mulheres, com uma proporção de cerca de 5-6:1.