A maioria destas fístulas são de alta complexidade. Para além da forma complexa da fístula, as diferenças na organização da fístula são também uma questão importante em termos da facilidade de recuperação do tratamento. Com o desenvolvimento da tecnologia de imagem médica de alta tecnologia, a anatomia de fístulas anais complexas está a tornar-se cada vez mais clara no diagnóstico por imagem. A ecografia 3D e a ressonância magnética 3D podem mostrar claramente a abertura interna da fístula, a forma da fístula, a presença de uma cavidade cística e a relação com o sacro-cóccix e o recto antes da cirurgia, estabelecendo as bases para uma erradicação cirúrgica única da fístula. Especialmente em fístulas cistógicas, o tamanho e o número de cavidades císticas determinam a via e o plano cirúrgico.