A cirurgia do defeito septal está dividida em oclusão interventiva e cirurgia de coração aberto, e ambos os procedimentos cirúrgicos têm as suas próprias características. A cirurgia de selagem do defeito septal intervencional: Um procedimento minimamente invasivo utilizando intervenção de punção da veia femoral para reparação do septo atrial, com as vantagens de menos trauma, recuperação mais rápida e nenhuma incisão após a cirurgia, e a desvantagem de que o procedimento deve ser guiado pela exposição à radiação. O primeiro lado do bloqueador é aberto, e o segundo lado é aberto depois de se retroceder o bloqueador até ao defeito do septo atrial. O bloqueador é então separado do dispositivo de entrega. O coração está sempre a bater durante o procedimento, evitando a cirurgia de coração aberto e o processo de paragem cardíaca extracorpórea. Cirurgia de tórax aberto para defeito do septo atrial: A reparação do defeito do septo atrial é realizada sob circulação extracorpórea. A vantagem é que é adequada para pacientes que não podem ser submetidos a cirurgia minimamente invasiva, e diferentes partes do defeito e outras malformações intracardíacas combinadas podem ser corrigidas simultaneamente. A desvantagem é que o procedimento é mais invasivo e a recuperação é mais lenta. Normalmente é feita uma incisão mediana do esterno, e a circulação extracorpórea é estabelecida após a incisão do pericárdio. A circulação extracorpórea é a circulação sanguínea que substitui as funções do coração e pulmões por uma máquina coração-pulmão artificial fora do corpo. Após o coração parar de bater, o defeito septal é fechado com suturas ou manchas e o coração retoma o seu ritmo. A oclusão interventiva e a cirurgia de coração aberto são apropriadas para diferentes condições, e o procedimento exacto utilizado depende da gravidade da condição do paciente.