A frequência com que o refluxo biliar se torna canceroso não é conclusiva e pode ou não ocorrer durante anos ou décadas. O refluxo biliar gástrico, devido ao facto de os ácidos biliares terem um certo efeito irritante na mucosa gastrointestinal, induz a hiperplasia epitelial no trato gastrointestinal. A hiperplasia epitelial intestinal é uma lesão pré-cancerosa que pode levar a um risco elevado de cancro gástrico nos doentes, constituindo assim um fator de risco elevado de cancro. No entanto, nem todos os casos de refluxo biliar gástrico são necessariamente acompanhados de cancro ou do desenvolvimento de cancro. Existem alguns casos de refluxo biliar gástrico que são de curta duração, funcionais, e os sintomas de refluxo podem desaparecer quando o fator causal é removido, pelo que não existem dados clinicamente aceites sobre a probabilidade exacta de cancro. Para pacientes com refluxo biliar gástrico, a clínica precisa de rever regularmente a gastroscopia e, ao mesmo tempo, o tratamento direcionado deve ser dirigido para a causa da doença. Por exemplo, a aplicação de alguns fármacos de dinâmica gastrointestinal, fármacos neutralizadores da bílis, etc., para tratamento. A maioria dos doentes pode obter bons resultados com um tratamento abrangente através de medicamentos e da melhoria do estilo de vida e da dieta, com ênfase na revisão regular para prevenção.