No que diz respeito ao momento da cirurgia para defeitos do septo ventricular de doenças cardíacas congénitas, são geralmente tidos em conta dois factores: por um lado, a doença, quanto mais tarde a cirurgia, mais avançada a doença e pior o resultado cirúrgico; por outro lado, o paciente, quanto mais tarde a cirurgia, mais velha a criança, mais resistente ela é e mais segura a cirurgia. Portanto, o melhor momento é o resultado de um equilíbrio abrangente entre estes dois. Os seguintes princípios podem geralmente ser referidos: (1) Como os defeitos septal da membrana inferiores a 5 mm têm a possibilidade de fecho natural, e mesmo que não curem o impacto no corpo é relativamente pequeno, a cirurgia pode ser desnecessária, a observação a longo prazo, deve ser um acompanhamento ambulatório regular, uma vez que há alterações podem ser viradas para a cirurgia a qualquer momento. A grande maioria dos defeitos do septo ventricular da membrana com mais de 6mm pode ser tratada cirurgicamente por volta de 1 ano de idade, quando a cirurgia é mais segura e não retardada por causar hipertensão pulmonar grave. (2) Os defeitos do septo sub-superventricular, independentemente do tamanho do defeito, devem ser operados com ou antes da idade de cerca de 1 ano para evitar o desenvolvimento de prolapso da válvula aórtica e ter de substituir cirurgicamente a válvula aórtica – o que afectaria seriamente a qualidade de vida. (3) Muito poucos defeitos ventriculares grandes (maiores que 10 mm) com pneumonia recorrente e insuficiência cardíaca podem ser tratados o mais cedo possível independentemente da idade, mas os riscos de cirurgia são ligeiramente maiores.