A diferença entre foramen oval e defeito do septo atrial reside nos seguintes aspectos. Primeiro, em termos de patogénese, o forame oval não é fechado devido a uma nutrição inadequada e a um desenvolvimento lento. Em contraste, o defeito do septo atrial é causado por algumas mutações genéticas, exposição a radiação e tinturas capilares no início da gravidez, e o uso de certas drogas que são prejudiciais ao desenvolvimento fetal no início da gravidez. Em termos de manifestações clínicas, não há manifestação clínica de forame oval, e não pode haver sintomas em casos ligeiros de defeito do septo atrial, mas pode haver manifestações clínicas de aperto torácico, dor torácica, palpitação, falta de ar e outros desconfortos em casos graves. Em termos de tratamento, o forame oval pode não necessitar de tratamento, enquanto que para o defeito do septo atrial, este tem de ser administrado para melhorar a função cardíaca, ou mesmo requerer cirurgia.