O tratamento antiviral da hepatite B pode ser dividido em dois grupos principais: os análogos do interferão e os análogos dos nucleósidos (ácidos). Os primeiros são injectáveis e existem nas formas de ação prolongada e genérica. Os interferões de ação prolongada, também designados por interferões peguilados, incluem o pelargon (alfa-2b) e a piroxina (alfa-2a); os interferões genéricos também estão disponíveis em duas categorias, alfa-2a e alfa-2b, e são atualmente comercializados sob várias designações comerciais por diversos fabricantes. De um modo geral, o interferão elimina o vírus através da indução de uma resposta imunitária no organismo, tem uma taxa de seroconversão do HBeAg mais elevada do que os nucleósidos orais e tem um curso de tratamento relativamente regular. No entanto, existem efeitos secundários significativos, como a síndrome gripal (manifestada por febre, arrepios, dores de cabeça, dores musculares e fraqueza), mielossupressão transitória (principalmente sob a forma de redução dos leucócitos (neutrófilos) e plaquetas do sangue periférico), anomalias psiquiátricas (que se podem manifestar como depressão, paranoia, ansiedade grave e outros sintomas psicóticos) e indução de auto-anticorpos e doenças auto-imunes (incluindo anticorpos anti-tiroideus, anti-nucleares e anti-insulina). Anticorpos anti-insulina), etc. Não deve ser utilizado em doentes com cirrose descompensada. A síndrome gripal e a mielossupressão transitória ocorrem no início do tratamento e podem diminuir gradualmente ou desaparecer à medida que o tratamento progride, mas podem por vezes persistir e afetar o curso do tratamento. Análogos de nucleósidos (ácidos): atualmente aprovados para utilização clínica são a lamivudina, o adefovir (Haldolimus, Daidzein, Meizheng, etc.), a telbivudina e o entecavir. A dosagem é de uma vez por dia, um comprimido de cada vez. São fáceis de utilizar e têm poucos efeitos secundários, mas a duração do tratamento é longa e alguns são susceptíveis de sofrer mutações de resistência viral, com o risco de agravamento da doença quando o medicamento é interrompido. É importante sublinhar que nenhum dos regimes é 100% eficaz, pelo que é importante monitorizar regularmente durante o tratamento e ajustar o regime, se necessário.