Em geral, os doentes com úlcera duodenal precisam de usar omeprazol continuamente durante cerca de um mês. Actualmente, as principais drogas utilizadas no tratamento da úlcera duodenal incluem drogas que inibem a secreção do ácido gástrico e drogas que protegem a mucosa gástrica. As drogas que inibem a secreção de ácido gástrico incluem omeprazol, pantoprazol, rabeprazol, ranitidina, etc. As drogas protectoras da mucosa gástrica incluem metilfenidato, tioglicolato de alumínio, misoprostol, etc. Recomenda-se que os pacientes com úlceras duodenais sejam primeiro testados para H. pylori. O teste clínico mais utilizado é o teste de respiração, que é não-invasivo, conveniente e facilmente aceite pelos pacientes. Se o teste for positivo para o H. pylori, o paciente deve receber tratamento anti-H. pylori activo, incluindo o uso de medicamentos omeprazol durante um período de quatro semanas. Além disso, os pacientes são aconselhados a rever a sua gastroscopia após um curso completo de medicação e, se a úlcera sarar, a continuar a tomar o medicamento durante cerca de duas semanas, sem necessidade de utilização a longo prazo.