As fístulas raramente cicatrizam espontaneamente, e a cirurgia é o principal tratamento, resultando muitas vezes na cura, mas com uma certa taxa de recorrência. Nos casos em que a cirurgia não é apropriada, o tratamento não cirúrgico pode ser utilizado, geralmente para reduzir os sintomas, impedir que a fístula se espalhe mais profundamente e controlar o seu desenvolvimento. As fístulas anais, tal como os abcessos paranais, diferem das infecções noutras partes do corpo na medida em que ocorrem perto do anorrecto, existe uma fonte fixa de infecção no ânus ou recto, o orifício interno, e a lesão localiza-se no interior do esfíncter anal, cuja diástole e contracção podem afectar a drenagem do pus. Portanto, uma vez ocorridas as fístulas e os abcessos paranais, independentemente da sua gravidade, não há possibilidade de auto-cura, e a medicação apenas alivia os sintomas; a única forma de alcançar uma cura clínica é através de tratamento cirúrgico (incluindo fio). Tem havido muitas tentativas de tratar fístulas com outros métodos que não a cirurgia, mas todas elas acabaram no mínimo por falhar, e até agora não foram encontrados métodos não cirúrgicos para as curar. Os peritos sugerem que é melhor utilizar a cirurgia da fístula anal nas fases iniciais do tratamento, porque as fístulas anais são geralmente difíceis de curar por si só, pelo que é necessário escolher um método de tratamento eficaz de forma atempada.