1. pus: A quantidade de pus varia de acordo com o comprimento e tamanho da fístula. As fístulas recém-criadas têm mais pus, que é espesso, fedorento e de cor amarela, e depois diminui gradualmente, por vezes não, e é branco e fino. Se houver um aumento súbito de pus, isso significa que foi criada uma nova fístula. Por vezes a abertura externa é temporariamente fechada, o fluxo de pus pára, a temperatura sobe, a área incha e forma-se novamente um abcesso. A abertura externa fechada é então perfurada ou outra nova abertura é formada e o empurrão flui novamente para fora. Em casos de fístulas internas e externas espessas, as fezes e o gás por vezes fluem da abertura externa. Dor: Se a fístula drenar livremente, normalmente não há dor, mas apenas uma sensação de inchaço e desconforto na abertura externa, que se agrava ao caminhar. 3. prurido: A pele à volta do ânus sente-se húmida e com comichão devido ao frequente estímulo de secreções, e pode ocorrer descoloração da pele e descamação epidérmica. 4. defecação: A maioria das vezes vista em fístulas anais em forma de casco, onde a fístula envolve o canal anal e forma um anel fibroso semi-anular, afectando assim a diástole anal, e a defecação pode ocorrer. 5. sintomas sistémicos: doença prolongada pode levar ao desperdício, anemia, obstipação e dificuldade na defecação.