Para compreender os anticoagulantes, pode-se começar pela sua indicação, fibrilação atrial. A fibrilação atrial é uma condição em que os átrios do paciente perdem a sua contracção normal regular, o sangue estagna nos átrios, e os vários componentes hemostáticos no interior tornam-se mais facilmente depositados e activados, mas estes coágulos não são muitas vezes fortes e, uma vez deslocados, podem bloquear outros vasos sanguíneos causando embolia. Como um aparte: a embolia cerebral é uma doença cerebrovascular muito perigosa, maior e mais rápida do que uma lesão típica de enfarte cerebral. Os anticoagulantes trabalham principalmente em factores de coagulação em vez de plaquetas e inibem o processo de coagulação em vez de dissolverem o coágulo que se formou. Os trombos formados no sistema arterial tendem a ser dominados pela activação e agregação plaquetária, ao contrário dos trombos nos sistemas atrial e venoso. Estes fármacos inibem a formação de trombos, impedindo, em certa medida, a agregação de plaquetas através de diferentes mecanismos. Portanto, estes medicamentos têm um papel muito fraco na prevenção de AVC na fibrilação atrial, mas são importantes no tratamento de doenças trombóticas arteriais, tais como doenças coronárias e trombose cerebral.