Um defeito do septo atrial de 3-6 mm de diâmetro é um defeito pequeno, 6-12 mm é um defeito médio, e superior a 12 mm é um defeito grande. O defeito do orifício primário é um defeito parcial da almofada endocárdica, pelo que é frequentemente combinado com malformação ou displasia da válvula mitral ou tricúspide. Os defeitos do orifício secundário são frequentemente simples, pelo que podem ser classificados como defeitos centrais, superiores, inferiores, ou mistos, dependendo da localização do defeito. Contudo, a dimensão do defeito pode determinar a quantidade de fluxo fracionário, o que pode afectar a função cardíaca. Se houver um aumento persistente do fluxo sanguíneo pulmonar, pode causar estase pulmonar, resultando num aumento da carga ventricular direita, que pode evoluir para hipertensão pulmonar ao longo do tempo. Portanto, recomenda-se aos pacientes com defeito do septo atrial que se submetam a tratamento intervencionista ou cirúrgico o mais cedo possível.