O diagnóstico de perfuração aguda de úlcera gastroduodenal baseia-se no seguinte: em primeiro lugar, manifestações clínicas, o paciente desenvolve subitamente dor grave no epigástrio sob a forma de dor tipo faca, e os pacientes com úlceras perfuradas podem frequentemente lembrar-se do momento em que a dor ocorre subitamente, mesmo à hora e minuto exactos, pelo que devemos considerar primeiro a perfuração do duodeno ou úlcera gástrica se a dor for assim. Em segundo lugar, os sinais são de que o conteúdo do gastroduodeno irá irritar o intestino após a perfuração. O conteúdo é ácido e muito irritante para o peritoneu, pelo que a dor do paciente é muito intensa, resultando num estado muito tenso dos músculos abdominais, chamado abdómen platysmal, seguido de dor de pressão e dor de ricochete. Em terceiro lugar, alguns exames auxiliares, tais como uma película de pé, uma película de pé do abdómen onde podemos ver gás livre debaixo do diafragma, ou uma tomografia computorizada onde podemos ver algum gás na cavidade abdominal. Através destes três pontos, podemos geralmente diagnosticar a perfuração da úlcera péptica.