As causas das malformações do coração fetal estão relacionadas com factores genéticos, microbianos patogénicos, químicos e físicos. Factores maternos: 1. diabetes mellitus materna, doença do tecido conjuntivo (como o lúpus eritematoso sistémico) 2. infecção viral (especialmente o vírus da rubéola) no início da gravidez, historial de medicação 3. exposição a radiação e agentes químicos no início da gravidez 4. idade materna avançada (>35 anos), gravidez anormal, historial familiar de doença cardíaca precoce, historial de parto com doença cardíaca precoce, etc. 2. factores fetais: 1. malformação fetal de outros órgãos: como hidrocefalia, artéria umbilical única, etc. 2. anomalias cromossómicas 3. anomalias do ritmo cardíaco fetal 4. edema fetal 5. anomalias do fluido amniótico 6. atraso do crescimento intra-uterino.