Doenças auto-imunes (vulgarmente conhecidas como doenças reumáticas): lúpus eritematoso sistémico, poliarterite nodosa, dermatomiosite, artrite reumatóide, etc. A maioria destes doentes tem auto-anticorpos nos seus corpos, bem como complexos imunitários. A terapia de troca plasmática pode remover todos os tipos de auto-anticorpos e complexos imunitários. Especialmente nas fases iniciais da doença, quando um grande número de anticorpos está presente no corpo do doente mas ainda não causou danos de tecidos ou órgãos, a troca de plasma deve ser realizada o mais cedo possível para reduzir os danos de tecidos e órgãos e melhorar os sintomas. Para os doentes com doenças graves e potencialmente fatais onde as hormonas e os imunossupressores não são eficazes, a substituição do plasma combinada com os imunossupressores (por exemplo, ciclofosfamida) pode controlar a progressão da doença e melhorar os sintomas. Nas doenças hematológicas: anemia hemolítica auto-imune e síndrome hemolítica uremica, a troca de plasma pode remover rapidamente os anticorpos anti-eritrócitos do corpo do doente e reduzir a ocorrência de hemólise; na púrpura trombocitopénica trombótica, a troca de plasma é actualmente o método mais eficaz para remover rapidamente coágulos de sangue microscópicos do corpo do doente e salvar a vida do doente. Após a troca de plasma, os pacientes com síndrome de hiperviscosidade podem remover o excesso de proteínas e lípidos dos seus corpos e melhorar
Prognóstico.