O melhor tratamento para a fístula anal é a opção de cirurgia, que é uma doença infecciosa crónica, na sua maioria secundária a um abcesso perianal. Existem algumas doenças inflamatórias crónicas do tracto intestinal, tais como a doença de Crohn, que também podem levar à formação de múltiplas fístulas na abertura anal. Além disso, após a cirurgia, especialmente para abcessos perianais, podem formar-se fístulas localizadas e o paciente pode experimentar uma significativa humidade anal, dor, prurido, pus e descarga de sangue, e uma fístula visível com pus e sangue a fluir de aperto. Para fístulas anais superficiais, a excisão pode ser realizada sob anestesia local, enquanto as fístulas complexas devem ser incisas sob anestesia epidural e a abertura interna deve ser explorada. Para fístulas anais altas, um fio pendurado é também uma opção e após a cirurgia é necessário um tratamento anti-infeccioso intravenoso e mudanças regulares de penso.