A acidose metabólica em recém-nascidos não é autocura e requer tratamento agressivo para a causa primária, com cura clínica conseguida à medida que a causa primária é eliminada.
Se a acidose metabólica não for grave, o tratamento atempado e regular não afectará normalmente o crescimento e desenvolvimento do recém-nascido. Se a acidose metabólica for grave ou prolongada, pode causar danos no cérebro e nos rins do recém-nascido e, portanto, requer um tratamento imediato para ser curado.