O foco do tratamento da síndrome do ovário policístico (PCOS) varia consoante o paciente tenha ou não requisitos de fertilidade. Nas mulheres adolescentes, o tratamento para PCOS centra-se no ajustamento do ciclo menstrual e no tratamento de sintomas hiperandrogénicos, tais como hirsutismo e acne. Os medicamentos comummente utilizados incluem Daimler-35, Glivec e espironolactona. Para pacientes obesos PCOS, a perda de peso é o tratamento mais eficaz. Além disso, para mulheres com necessidades de fertilidade, o tratamento de ovulação com medicamentos promotores de ovulação, inseminação artificial, etc. também pode ser experimentado, e em casos graves, o tratamento de FIV também está disponível.