Uma vez estabelecido o diagnóstico de hidrocefalia, a escolha do tratamento torna-se uma questão de escolha. Hydrocephalus é uma das doenças mais simples e mais facilmente tratadas. Mas é também o mais complexo e difícil de tratar. Simplificando, qualquer tipo de hidrocéfalo pode ser tratado com um procedimento de shunt, mas existem algumas desvantagens inerentes à cirurgia de shunt. Em primeiro lugar, carregar um shunt dentro do corpo para o resto da vida é uma coisa muito difícil de aceitar. Existe também um risco de infecção enquanto o shunt estiver no corpo, e na maioria dos casos o shunt terá de ser removido ou a infecção será difícil de curar. Isto pode ser muito dispendioso para o paciente e atrasado por muito tempo. O shunt tem de ser substituído se estiver obstruído, partido, envelhecido, etc. Uma elevada percentagem de pacientes com shunts que estão no lugar há demasiado tempo pode desenvolver síndrome ventricular lacunar, onde o paciente tem uma pressão intracraniana elevada e sintomas como dores de cabeça intermitentes e até mesmo uma deficiência cognitiva. A melhor opção disponível para resolver tais problemas é a colocação de um shunt regulador de pressão. A melhor solução para a hidrocefalia é uma terceira ventriculostomia, que tem a vantagem de não exigir um shunt para ser transportado, mas tem a desvantagem de ser eficaz para a hidrocefalia obstrutiva e não para a hidrocefalia de tráfego. É importante notar que uma grande proporção de shunts feitos cedo (geralmente cerca de 10 anos) fazem parte da hidrocefalia obstrutiva. Quando o shunt se torna problemático, a primeira coisa a considerar é se uma fístula pode ser feita, e se uma fístula é viável, o shunt pode ser removido. Há também uma proporção de hidrocefalia que é muito difícil de gerir, chamada clinicamente hidrocefalia refractária, e que requer um tratamento abrangente a longo prazo, e mesmo assim um bom resultado nem sempre é possível.