As complicações pós-operatórias mais comuns são a perfuração da mucosa e a piloromiotomia incompleta, ambas as quais ocorrem em menos de 1% dos casos. A perfuração da mucosa é facilmente detectada durante o procedimento e é gerida prontamente pelo cirurgião. As crianças com piloromiotomia incompleta continuam a ter vómitos frequentes após a cirurgia e podem necessitar de uma repetição da operação para dissecar completamente a piloromiotomia.