A grande maioria das crianças com estenose pilórica hipertrófica congénita cicatriza completamente após a piloromiotomia e volta à função gastrointestinal normal. Estudos de acompanhamento a longo prazo confirmaram que a probabilidade de recidiva após tratamento cirúrgico é muito baixa. Se a criança continuar a ter vómitos frequentes durante um curto período de tempo após a cirurgia, isto pode ser devido a uma cirurgia incompleta, caso em que o cirurgião tratará de forma conservadora durante 2-3 semanas e se os sintomas não melhorarem, a cirurgia pode ser novamente necessária.