Os sintomas aparecem entre 3 e 6 semanas após o nascimento, ou antes, e muito raramente após 4 meses de idade. O vómito é o principal sintoma, inicialmente apenas vómito, seguido de vómito a jacto. Começa com vómitos ocasionais, e à medida que a obstrução aumenta, o vómito ocorre após quase cada alimentação. O vómito é muco ou leite, e se for retido no estômago durante um período de tempo mais longo, a coalhada é vomitada sem bílis. Em alguns casos, devido à gastrite irritável, o vómito contém sangue fresco ou desnaturado. Depois de vomitar, a criança ainda tem um forte apetite por comida e pode amamentar vigorosamente se for alimentada novamente. Em bebés imaturos, os sintomas são frequentemente atípicos e a ejecção não é significativa. À medida que o vómito aumenta, o peso da criança não aumenta no início e depois diminui rapidamente devido à ingestão insuficiente de leite e água, a produção de urina diminui significativamente e a criança passa uma vez de poucos em poucos dias por uma fezes pequenas e duras. O início precoce do vómito e perda de grandes quantidades de ácido gástrico pode causar alcalose, respiração rasa e lenta, e laringoespasmo e convulsões das mãos e pés. O diagnóstico mais fiável é baseado na palpação da massa pilórica. Se a massa não for palpável, pode ser realizada uma ultra-sonografia em tempo real ou uma refeição de bário para ajudar a clarificar o diagnóstico. Após ajuste positivo do ambiente interno, a cirurgia é realizada o mais rapidamente possível. O procedimento está agora bem estabelecido e pode ser feito por laparoscopia, com uma retomada gradual da dieta 6 horas após a cirurgia, após o que a criança entrará num período de rápido aumento de peso e alcançará crianças da mesma idade.