Algumas das crianças que tratamos com fobia escolar têm perturbação bipolar co-mórbida, o que pode dificultar o diagnóstico clínico. Uma vez que os sintomas da fobia escolar tendem a ser mais pronunciados, é mais fácil concentrarmo-nos neles, o que muitas vezes mascara os sintomas da perturbação bipolar coexistente, levando a que o diagnóstico não seja efectuado. A fobia escolar é uma perturbação de natureza ansiosa, e as perturbações de ansiedade tendem a ser um medo da morte, pelo que as crianças com fobia escolar não correm normalmente o risco de suicídio. No entanto, a depressão bipolar na perturbação bipolar tem o risco de suicídio mais elevado de todas as doenças mentais, mais elevado do que a depressão major isolada. Assim, se a fobia escolar tiver uma co-morbilidade com a perturbação bipolar, e se esta for sub-diagnosticada, existe o risco de acidentes no tratamento. Por conseguinte, os médicos e também os conselheiros em centros de aconselhamento devem prestar especial atenção à presença ou não de perturbação bipolar quando tratam crianças com fobia escolar. Outra razão para a falta de diagnóstico é o facto de a coexistência da fobia escolar conduzir a sintomas atípicos da perturbação bipolar, por exemplo, depressão ansiosa no caso da depressão e mania agitada no caso da mania. Como as crianças com fobia escolar são frequentemente sensíveis, paranóicas e sociopatas, quando co-mórbidas com a perturbação bipolar, a sua apresentação clínica geral assemelha-se por vezes à esquizofrenia, que pode ser facilmente diagnosticada como esquizofrenia se o médico não tiver um conhecimento profundo da doença.