A cirurgia de uma fístula anal não é dolorosa. Como a cirurgia requer anestesia, pode ser dividida em anestesia geral, anestesia lombar, anestesia sacral e anestesia local. Para fístulas simples pode escolher a anestesia local, que é geralmente adequada para fístulas simples onde a tolerância do paciente é boa. A anestesia sacral e lombar são também mais eficazes. Alguns pacientes têm muito medo da cirurgia e têm uma condição grave. A anestesia geral pode ser utilizada, com o doente já anestesiado. No entanto, após a anestesia pós-operatória, a ferida cirúrgica continuará a ser dolorosa e será necessária medicação para a dor neste momento. As dores pós-operatórias duram geralmente cerca de 1 semana. O momento mais doloroso é quando a ferida é irritada por fezes, quando o médico limpa a ferida e muda a medicação, a dor pode ser aliviada por analgésicos ocidentais, banhos de ervas e fisioterapia. Contudo, o grau de dor está também relacionado com o limiar da dor do indivíduo. Algumas pessoas têm uma elevada tolerância à dor e não se sentem muito dolorosas, enquanto outras sentem dor severa.