A principal razão pela qual a anestesia local não pode ser utilizada é que é menos eficaz no relaxamento dos músculos locais, o que pode dificultar a exploração intra-operatória da fístula e pode levar a falhas na exploração da fístula, o que pode levar à recorrência pós-operatória. No entanto, a anestesia geral pode ser utilizada para pacientes com um historial de lesão da coluna lombar que impeça o uso de hemi-anestesia. Recomenda-se que os pacientes com fístulas anais vão ao hospital em tempo útil para fazer os testes relevantes e as preparações pré-operatórias, e que sejam operados em tempo útil para curar completamente a fístula.