A principal causa dos cistos sebáceos escrotais é o bloqueio dos canais sebáceos no escroto, de modo que as secreções produzidas pelas glândulas sebáceas não são totalmente excretadas, resultando num bloqueio e na formação de quistos sebáceos. Por vezes, se não cuidar da sua higiene, há um bloqueio de pó ou bactérias no caso de uma infecção, isto pode causar o bloqueio das vias glandulares sebáceas e isto pode levar à foliculite, que é também um sintoma de um cisto sebáceo. Quando ocorrem quistos sebáceos, é importante manter a higiene, mudar a roupa interior regularmente, não usar roupa interior apertada, usar roupa interior de algodão tanto quanto possível, e comer uma dieta leve. Deve-se deixar de fumar e beber, e não comer alimentos picantes e irritantes, a fim de evitar que os quistos sebáceos escrotais se agravem.