Os quistos escrotais são lesões benignas e são tratados de forma diferente dependendo da existência de sintomas clínicos e do tamanho e localização do quisto. Para quistos muito pequenos, ou seja, aqueles com menos de 4 cm e sem quaisquer sintomas clínicos, não é necessário qualquer tratamento por enquanto. Recomenda-se a revisão da ecografia escrotal uma vez de seis em seis meses para clarificar as alterações da doença. Para quistos com mais de 4 cm ou quistos que tenham causado sintomas de pressão, resultando em desconforto escrotal, humidade escrotal, inflamação escrotal recorrente, inchaço escrotal e mesmo sintomas clínicos que afectam a micção, recomenda-se que o tratamento cirúrgico seja realizado no hospital. Se o cisto for causado por uma doença inflamatória, é também necessário tratamento anti-inflamatório com cefalosporinas ou quinolonas. Seja como for, o tratamento deve ser efectuado sob supervisão médica.