A cirurgia para cistos pineais é arriscada e invasiva porque a região pineal é profunda no centro do cérebro, uma área densamente povoada por vasos sanguíneos, nervos e tecido cerebral importante, e a cirurgia pode resultar em complicações graves, causando perturbações do movimento ocular, diplopia, hemorragia intra-operatória, hemiplegia pós-operatória e até coma e morte. Os cistos dos pinheiros não são facilmente operados a menos que o cisto esteja a causar hidrocefalia obstrutiva, resultando em dores de cabeça, náuseas, vómitos ou mesmo coma. A cirurgia é geralmente realizada por craniotomia, uma remoção do cisto através da cortina cerebelar occipital inferior, com o cuidado de proteger estruturas importantes, tais como as grandes veias cerebrais que rodeiam o cisto.