Devido à localização específica do cisto da bainha do tendão plantar, que está frequentemente sujeito a fricção e pressão, é aconselhável tratar o cisto de forma agressiva uma vez diagnosticado. Existem geralmente três maneiras de o tratar: a primeira é apertá-lo manualmente, mas a taxa de recorrência é relativamente alta porque embora o cisto seja apertado e o fluido seja disperso nos tecidos circundantes, a parede do cisto não é removida, pelo que a taxa de recorrência é relativamente alta. O segundo método é a punção local, após a qual são injectadas hormonas como Depo-Provera, prednisolona, etc., geralmente uma vez a cada 5-7 dias, 2-3 vezes seguidas. Alguns pacientes podem ser curados por este método, mas é também um tratamento com uma taxa de recidiva relativamente alta. O terceiro método, o que tem a menor taxa de recorrência e o tratamento mais completo, é a cirurgia.