Os quistos fisiológicos são mais frequentemente encontrados nas cavidades pélvicas e abdominais e requerem cirurgia se forem grandes. Se o cisto for maior que 5 cm de tamanho e for acompanhado de cólicas abdominais paroxísticas, a natureza do cisto tem de ser determinada primeiro e a exploração cirúrgica tem de ser feita para ver se é um cisto benigno ou maligno. Os quistos fisiológicos mais pequenos podem ser monitorizados e revistos a cada 2-3 meses no início, com um plano de tratamento a ser desenvolvido numa fase posterior, dependendo da situação. Se o cisto não mudou até 1 mês e não diminuiu ou cresceu significativamente, é basicamente um cisto funcional. Se o cisto se ampliar mais significativamente, é necessária uma rápida identificação da natureza do cisto. Os benignos também devem ser levados a sério, pois podem causar torção. Se for maligno, a remoção cirúrgica imediata é necessária.