Antes da operação à fístula anal, o paciente receberá um clister de limpeza às 4-5 horas da manhã do dia da operação, e alguns opiáceos ou Pfizer para promover a excreção das fezes serão prescritos para permitir que o paciente se livre das fezes. O benefício é que evita que as fezes sejam descarregadas pela secção superior durante a operação e interferem com a operação, o que pode contaminá-la. Alguns hospitais exigem um dia de jejum após uma cirurgia de fístula endo-anal, e se o intestino for desobstruído, o paciente não sentirá movimentos intestinais muito fortes durante um dia. Se o intestino não for limpo, as fezes podem ser empurradas para baixo por cima e haverá uma forte sensação de defecação, que irritará e contaminará a ferida, e a sensação de defecação não pode ser suprimida.