A etiologia da maioria das nefrite crónica não é clara. A nefrite que se prolonga após uma infecção aguda por estreptococos e dura mais de um ano pode transformar-se em glomerulonefrite crónica. No entanto, a maioria das nefrite crónica não resulta de uma nefrite aguda. Outras infecções bacterianas e virais, particularmente a infecção pelo vírus da hepatite B, podem também causar nefrite crónica. Como a nefrite crónica não é uma doença à parte, a sua patogénese varia. A maioria são perturbações de complexos imunitários, que podem ser causadas pela deposição de complexos imunitários solúveis circulantes no glomérulo, ou pela formação de complexos imunitários in situ no glomérulo a partir de antigénios (antigénios glomerulares intrínsecos ou antigénios exógenos implantados) e anticorpos, que activam o complemento e causam danos nos tecidos. Em alternativa, os complexos imunitários podem ser utilizados para activar o complemento através de um “sistema de bypass” de toxinas bacterianas e metabolitos depositados localmente no glomérulo, resultando numa série de reacções inflamatórias que levam à glomerulonefrite. Os danos renais não imunes mediados também podem desempenhar um papel importante no desenvolvimento e progressão da nefrite crónica. De acordo com as presentes descobertas, tais mecanismos não imunes podem incluir o seguinte: (1) glomerulopatia causadora de arteriosclerose intrarenal; (2) danos glomerulares devidos a alterações compensatórias na hemodinâmica renal; (3) efeitos hipertensivos na estrutura e função glomerular; (4) carga super-negativa da membrana glomerular tiakoid.