Não há desvantagens clínicas para a ostomia do cisto de Bartholin, uma vez que preserva a função da glândula e atinge um objectivo terapêutico, sem causar qualquer impacto local sobre a vulva em termos de aparência. Se os quistos são pequenos e não afectam a sua vida sexual ou a sua vida quotidiana e não são dolorosos, não precisa de ser operado para os tratar, basta manter a sua vulva limpa. Se o cisto for relativamente grande, é aconselhável fazer uma cirurgia de abertura, que é também uma cirurgia de estoma, ao contrário de outras cirurgias em que a glândula é removida, para que a função da glândula se perca, porque a glândula de Bartholin segrega muita secreção durante a actividade sexual para desempenhar um papel lubrificante, e se esta função for removida, desaparecerá, pelo que a cirurgia do estoma da glândula de Bartholin tem apenas vantagens e nenhuma desvantagem.