A cirurgia da fístula anal significa que a fístula é completamente aberta e, se necessário, o tecido cicatrizado à volta da fístula pode ser adequadamente aparado, o que assegurará que a drenagem seja desobstruída e que a ferida cirúrgica cicatrize gradualmente. Este método não afecta a função do ânus, a cicatriz é pequena, e a drenagem é desobstruída. É utilizado principalmente para fístulas anais de baixo nível a 4cm do ânus, com aberturas internas e externas, e como coadjuvante de tratamento aberto ou excisional para fístulas complexas. A segunda, terapia de incisão, principalmente para fístula anal simples baixa e fístula anal complexa baixa, para alta incisão de fístula anal, deve ser combinada com terapia de suspensão, a fim de evitar causar incontinência anal.