No final da terceira semana embrionária, o fim do hindgut expande-se para comunicar com a bexiga urinária anterior, formando a cloaca. A extremidade caudal da cloaca é fechada por uma membrana de células epiteliais no ectoderme, que se torna a membrana cloacal e a separa do corpo. Na quarta semana as pregas mesodérmicas entre a cloaca e a cloaca formam e crescem caudalmente, enquanto ao mesmo tempo o lado medial das duas paredes da cloaca prolifera para formar pregas que crescem na cavidade, estas formam o septo urorrectal, dividindo a cloaca em duas partes anteriores e posteriores, sendo a primeira o seio genital da ave e a segunda o recto. Ao mesmo tempo, a membrana cloacal é dividida em duas partes anteriores e posteriores, sendo a primeira o seio urogenital e a segunda a membrana anal, que a partir da quinta semana forma um recesso anal e se aprofunda gradualmente junto ao recto. Na sétima e oitava semanas, as duas membranas rompem-se uma após a outra. Após a ruptura da membrana anal, liga-se com o recto para formar o ânus. Na 9ª semana de desenvolvimento embrionário, o anorectum e a sua musculatura envolvente estão completos. No quarto mês de vida embrionária, o períneo cresce rapidamente anterior e posteriormente, permitindo eventualmente que o ânus volte à sua posição habitual. Em resumo, a formação anorectal está em grande parte completa nos primeiros 3 meses de vida embrionária e a prevenção de malformações anorretais precisa de ser prevenida no início da gravidez.