Há três complicações comuns após a cirurgia pediátrica da espinha bífida: hematoma e infecção da incisão cirúrgica, infecção do sistema nervoso central e disfunção dos membros devido a danos nos nervos. Como a espinha bífida está frequentemente associada a lipomas ou lesões como embolias da medula espinal ou cistos intradurais, se não forem devidamente separados da membrana espinal e da medula espinal durante a cirurgia, podem facilmente danificar o tecido nervoso e levar a disfunção da medula espinal ou agravar os sintomas existentes.