Os enfartes do tronco cerebral não recuperam e podem formar focos de amolecimento, mas alguns dos sintomas de enfarte do tronco cerebral podem ser recuperados. A maioria dos pacientes pode recuperar 80% das suas funções com tratamentos padrão e exercícios de reabilitação. O grau de recuperação em doentes com enfarte do tronco cerebral está relacionado com a gravidade e localização do enfarte do tronco cerebral, bem como com o quão agressivo e oportuno é o tratamento. No caso de grandes enfartes do tronco cerebral, incluindo enfartes nos pons, midbrain e medula oblongata, estes pacientes são mais severamente afectados e a recuperação é geralmente difícil. Para pacientes com enfarte do tronco cerebral mais ligeiro, tratamentos como a trombólise e a embolização podem normalmente ser administrados dentro de 6 horas após o início para abrir directamente os vasos sanguíneos e restaurar o fornecimento de sangue à lesão enfarte, melhorando assim o desconforto. Há uma grande probabilidade de que este grupo de pacientes recupere posteriormente. Se o paciente perder o tempo de trombólise e recuperação de trombos para enfarte do tronco cerebral, o tratamento com medicamentos que melhoram a microcirculação e nutrem os nervos cerebrais, tais como aspirina e atorvastatina, pode ser administrado sob a orientação de um médico para promover a recuperação da função cerebral. Através de um tratamento activo para proteger o cérebro e melhorar a circulação, a função cerebral pode ser gradualmente restaurada. Além disso, o tratamento de treino de reabilitação é também particularmente importante para a recuperação de pacientes com enfarte cerebral. Dependendo da capacidade de movimento do próprio membro do paciente e do grau de paralisia, o tratamento de treino de reabilitação para movimentos passivos e activos pode ser realizado. Uma combinação de medicação e treino de reabilitação pode geralmente restaurar algumas das funções causadas pelo enfarte do tronco cerebral.