A melhor medicação para tratar úlceras estomacais depende da causa da úlcera. Se a causa da úlcera for a infecção pelo H. pylori, a erradicação do H. pylori é a melhor opção para tratar a úlcera. As opções para erradicar o H. pylori são a terapia tripla e a terapia quádrupla, onde os medicamentos específicos são dois antibióticos, mais um inibidor da bomba de protões, ou uma preparação de bismuto em cima da terapia tripla. Como exemplo, isto poderia ser amoxicilina mais metronidazol ou omeprazol, e a terapia quádrupla exigiria a adição de bismuto coloidal, e este é apenas um exemplo; existem outras opções para medicamentos específicos. Se a causa da úlcera gástrica não for Helicobacter pylori, no tratamento da escolha geral de fármacos para reduzir o ácido gástrico, associados a agentes protectores da mucosa gástrica podem ser, para reduzir os fármacos do ácido gástrico são agora recomendados os inibidores da bomba de protões, estão disponíveis fármacos como omeprazol, rabeprazol, pantoprazol, lansoprazol, esomeprazol, etc., agentes protectores da mucosa como o tioglicolato de alumínio, bismuto pectina, rebapartite, etc. Cada pessoa não responde aos medicamentos da mesma forma e a maioria das pessoas pode ser curada das suas úlceras, escolhendo estes medicamentos.