Doenças auto-imunes (vulgarmente conhecidas como doenças reumáticas): lúpus eritematoso sistémico, poliarterite nodosa, dermatomiosite, artrite reumatóide, etc. A maioria destes doentes tem auto-anticorpos nos seus corpos, bem como complexos imunitários. A terapia de troca plasmática pode remover todos os tipos de auto-anticorpos e complexos imunitários. Especialmente nas fases iniciais da doença, quando um grande número de anticorpos está presente no corpo do doente mas ainda não causou danos de tecidos ou órgãos, a troca de plasma deve ser realizada o mais cedo possível para reduzir os danos de tecidos e órgãos e melhorar os sintomas. Para os doentes com doenças graves e potencialmente fatais onde as hormonas e os imunossupressores não são eficazes, a troca de plasma combinada com imunossupressores (por exemplo, ciclofosfamida) pode controlar a progressão da doença e melhorar os sintomas. Em doenças hematológicas: anemia hemolítica auto-imune, síndrome hemolítica uremica, etc., a troca de plasma pode ser utilizada para remover rapidamente os anticorpos anti-eritrócitos do corpo do doente; para reduzir a ocorrência de hemólise; na púrpura trombocitopénica trombótica, a troca de plasma é actualmente o método mais eficaz para remover rapidamente trombos microscópicos do corpo do doente e salvar a vida do doente. A troca de plasma em pacientes com síndrome de hiperviscosidade remove o excesso de proteínas e lípidos do corpo e melhora o prognóstico.