As opções de tratamento para a cardiomiopatia hipertrófica baseiam-se principalmente nos sintomas do paciente e no risco de morte súbita cardíaca. Se o paciente for assintomático, então a cardiomiopatia em si não requer tratamento e a maioria dos pacientes terá uma esperança de vida quase normal, independentemente da gravidade da obstrução da via de saída do ventrículo esquerdo. O tratamento para tais pacientes é principalmente para outras doenças relacionadas, tais como hipertensão, doença arterial coronária, diabetes, hiperlipidemia e obesidade; podem fazer exercício aeróbico de baixa intensidade e evitar exercício extenuante; e fazer uma boa avaliação do risco de morte cardíaca súbita e decidir se instala um desfibrilador automático interno (CDI) com base nos resultados da avaliação. Se o paciente tiver sintomas, é preferível a terapia medicamentosa; se a terapia medicamentosa não for eficaz, pode ser considerada a terapia de ablação cirúrgica ou de intervenção médica com álcool. Se o efeito do betabloqueador for insatisfatório, pode ser adicionado antagonista do cálcio, como a isoptinina. Se o efeito ainda for insatisfatório, Dapsigargin pode ser utilizado em combinação. Evitar a aplicação de vasodilatadores, diuréticos de dose elevada, dopamina, dobutamina, norepinefrina e outros medicamentos no tratamento; a tensão arterial baixa pode ser aumentada através da aplicação de fenilefrina. Se o tratamento com drogas não for eficaz, pode ser considerado um tratamento cirúrgico ou de intervenção médica para a ablação de álcool. O procedimento cirúrgico é principalmente para remover o tecido hipertrófico e estenótico do miocárdio da via de saída do ventrículo esquerdo através de uma incisão da aorta ascendente para aliviar a obstrução da via de saída do ventrículo esquerdo. A taxa de sucesso de ambos os tratamentos é relativamente elevada, e os resultados a longo prazo da cirurgia são melhores, enquanto a taxa de complicações é também inferior à do tratamento intervencionista. Por conseguinte, a cirurgia é actualmente o método de tratamento invasivo preferido internacionalmente. Se nenhum dos métodos acima referidos for desejado, a instalação de pacemaker pode ser tentada, embora a eficácia precise de ser mais esclarecida. Finalmente, uma avaliação do risco de morte súbita cardíaca deve ser realizada independentemente de o paciente ser ou não sintomático; se os resultados da avaliação mostrarem um risco elevado de morte súbita, um desfibrilador automático intracorpóreo (CDI) precisa de ser considerado.