Uma vez desenvolvida a cardiomiopatia hipertrófica, é necessária a aplicação precoce de drogas que melhorem a obstrução das vias de saída, tais como metoprolol em beta-bloqueadores e verapamil em bloqueadores de cálcio, bem como de drogas candidatas, tais como probenecid,. A cardiomiopatia hipertrófica pode induzir o problema da insuficiência cardíaca e requer a aplicação regular de drogas que inibem a remodelação do miocárdio, tais como o enalapril em inibidores de enzimas conversoras de angiotensina e a espironolactona em antagonistas dos receptores de aldosterona. Se a fibrilação atrial também estiver presente, é necessária a aplicação regular de amiodarona para reduzir os episódios de fibrilação atrial, e o metoprolol pode ser considerado para controlar o ritmo cardíaco em fibrilação atrial permanente. Se ocorrer obstrução grave do tracto de saída e o efeito da medicação não for eficaz, recomenda-se o tratamento cirúrgico precoce.