A maioria das fístulas anais têm sido clinicamente observadas há muito tempo como não cancerígenas, mas muito poucas podem tornar-se cancerígenas. As razões para isto são: 1) a estimulação inflamatória crónica a longo prazo, que por vezes leva a uma proliferação anormal dos tecidos e a um maior desenvolvimento pode levar a uma transformação maligna; 2) algumas infecções bacterianas, tais como infecções por Pseudomonas aeruginosa ou Mycobacterium tuberculosis, que permanecem sem tratamento, podem levar ao cancro; e 3) a utilização a longo prazo de um grande número de vários medicamentos tópicos, que podem levar ao cancro. Embora a incidência do cancro seja baixa, é mais perigosa uma vez que ocorre. Por conseguinte, as fístulas anais devem ser tratadas prontamente para evitar a ocorrência de alterações cancerígenas.