Os abcessos hepáticos são causados por microrganismos patogénicos tais como bactérias, fungos e protozoários. As bactérias patogénicas comuns incluem Escherichia coli, cocos anaeróbios, Aspergillus, Staphylococcus aureus e Klebsiella. As vias comuns de infecção incluem infecções derivadas da via biliar, infecções do sistema venoso portal e infecções transmitidas pelo sangue através da artéria hepática.