Após a cirurgia da fístula anal, os médicos instruem frequentemente os pacientes a tomar um banho sitz após a defecação. Os banhos sitz incluem banhos sitz de ervas, banhos sitz de água salgada quente e lavagem do ânus directamente com água quente. Todos estes banhos de sitz funcionam de forma diferente, mas são semelhantes. Os pacientes podem fixar eles próprios a temperatura da solução medicinal ou da água em cerca de 37-38°C e sentar-se numa banheira de água, para que o enxaguamento possa limpar a ferida e também torná-la estimulada pela solução medicinal, estimulando o crescimento muscular e tendo um efeito de manutenção sobre a ferida. Contudo, o banho sitz não deve ser demasiado longo, geralmente não superior a 15 minutos, uma vez que um banho sitz demasiado longo pode fazer com que o tecido de granulação da ferida fique irritado ou cresça em excesso, retardando a cicatrização da ferida. Os pacientes devem ser lembrados de evitar esfregar a ferida com gaze, uma vez que isto afectará o crescimento da ferida e a fumigação excessiva fará com que a ferida cresça lentamente, o que não conseguirá o efeito de um verdadeiro banho de sitz. O número de banhos de sitz pode ser reduzido nas fases finais da cicatrização da ferida e é muito benéfico nas primeiras 1-2 semanas quando há mais pus na ferida da fístula anal.