A primeira contra-indicação à cirurgia para quistos de rathke pituitária é a função cardiopulmonar do paciente e a incapacidade de tolerar a anestesia geral. Uma vez que a remoção cirúrgica dos quistos de rathke pituitária requer anestesia geral, não é possível adoptar anestesia local. Se a função cardiopulmonar do paciente for relativamente pobre e ele não puder tolerar anestesia geral, o tratamento cirúrgico não é possível neste momento, e isto é frequentemente mais comum em pacientes de idade avançada. A segunda é a presença de doenças hematológicas, como a hemorragia, como neste caso, porque é certo que haverá uma certa quantidade de hemorragia durante a cirurgia, e se a tendência hemorrágica for demasiado grave, pode também causar hemorragia, o que é prejudicial para o próprio desempenho do paciente. A terceira é a presença de infecção aguda no paciente, tal como a formação de um abcesso na cavidade nasal ou uma infecção noutra área que não tenha sido controlada de forma significativa, o que neste momento também pode facilmente causar infecção da hipófise e até atingir o crânio para formar uma infecção intracraniana, o que também não é um fenómeno clínico muito bom para o paciente. Por conseguinte, é importante clarificar as várias condições na altura e procurar alcançar uma situação relativamente perfeita antes de proceder à cirurgia, o que é mais benéfico para o paciente.