O tempo de tratamento da tuberculose intestinal é semelhante ao da tuberculose pulmonar, e a maioria dos doentes pode ser curada se for detectada numa fase precoce e receber tratamento anti-tuberculose normalizado atempadamente, e se seguir as instruções do médico e insistir em tomar a medicação regularmente. Em geral, são necessários 6 a 9 meses de tratamento, e alguns doentes precisam mesmo de mais de 1 ano de tratamento. Atualmente, os medicamentos químicos são o tratamento preferido para a tuberculose intestinal, podendo ser necessário tratamento cirúrgico em combinação com hemorragia intestinal, perfuração intestinal e obstrução intestinal. Os fármacos terapêuticos habitualmente utilizados para a tuberculose intestinal incluem a isoniazida, a rifampicina, o etambutol, a estreptomicina, etc. A duração do regime de quimioterapia normalizado para os doentes que iniciam o tratamento é geralmente de 6 meses, divididos em 2 fases, ou seja, um período intensivo de 2 meses e um período de consolidação de 4 meses; o regime normalizado para os doentes em retratamento é geralmente de 8 meses, também dividido em 2 fases, um período intensivo de 3 meses e um período de consolidação de 5 meses, que pode ser ajustado adequadamente de acordo com a utilização de medicamentos específica do doente durante o tratamento. Durante o tratamento anti-tuberculose, os doentes têm de rever as análises de sangue de rotina, a função hepática, a função renal, o ácido úrico no sangue, etc., de 1-2 em 1-2 semanas, para observar os efeitos secundários tóxicos dos medicamentos, e rever a fluoroscopia e a enteroscopia da refeição de bário de 1-2 em 1-2 meses, para avaliar a eficácia dos medicamentos. O diagnóstico e o tratamento precoces, bem como a escolha razoável dos fármacos anti-tuberculose e a garantia de uma quantidade e de um curso de tratamento adequados são a chave para determinar o prognóstico. Quando a lesão pode ser curada após um tratamento precoce e atempado, o prognóstico geral é bom e não afecta a esperança de vida; se for acompanhada de complicações graves, o prognóstico geral é mau. Os doentes devem também prestar atenção às pequenas refeições, comer alimentos mais macios, fáceis de digerir e nutritivos, principalmente arroz e massa, suplemento moderado de proteínas, não comer frutos secos, malaguetas e outros alimentos, deixar de fumar e de beber álcool.