A necessidade de hospitalização e a duração da estadia depende da gravidade da condição. Os pacientes com uma condição estável podem ser tratados com medicamentos em regime ambulatório e não precisam de ser hospitalizados. Se o doente estiver na fase aguda da doença, terá de ser hospitalizado durante cerca de 1-2 semanas para estabilizar a condição. Em casos de hemorragia intestinal, perfuração intestinal e obstrução intestinal, a cirurgia pode até ser necessária e a estadia hospitalar pode ser prolongada até 3-4 semanas. O tratamento da tuberculose intestinal é semelhante ao da tuberculose pulmonar, na medida em que são utilizados medicamentos anti-tuberculose como a isoniazida e a rifampicina, e o tratamento leva frequentemente 6-9 meses, ou em alguns casos mais de 1 ano. Durante o tratamento anti-tuberculose, testes sanguíneos de rotina, função hepática, função renal e ácido úrico sanguíneo precisam de ser repetidos a cada 1-2 semanas para observar os efeitos secundários tóxicos dos medicamentos, e a fluoroscopia e colonoscopia de farinha de bário precisam de ser repetidas a cada 1-2 meses para julgar a eficácia dos medicamentos. O diagnóstico precoce e o tratamento da tuberculose intestinal, a selecção racional de medicamentos anti-tuberculose e um curso completo de tratamento são as chaves do prognóstico. O prognóstico é geralmente bom e não afecta a esperança de vida. Se houver complicações graves, o prognóstico é geralmente pobre. Como a tuberculose intestinal é uma doença crónica de desperdício, a gestão da vida diária centra-se no regime alimentar. Os pacientes são aconselhados a distribuir vários nutrientes de uma forma razoável e equilibrada em cada refeição, a suplementar uma nutrição adequada e a comer alimentos ricos em proteínas e fibras.