Tanto a gravidez como a gastroenterite podem causar náuseas, vómitos e anorexia. A grande maioria das náuseas, vómitos e anorexia causados pela gravidez são relativamente graves pela manhã, enquanto que as reacções gastrointestinais causadas pela gastroenterite podem ocorrer em qualquer altura do dia. Além disso, a gravidez terá um historial claro de menopausa, enquanto que a gastroenterite não tem necessariamente um historial de menopausa. A gastroenterite apresentará desconforto ou dor no abdómen inferior ou no estômago, enquanto que a gravidez normal não se apresenta com dor. O diagnóstico diferencial pode ser feito por um teste de sangue ou um teste de HCG da urina, que pode ser positivo para gravidez, mas não para gastroenterite, que pode ser positivo por um teste de HCG da urina e positivo por um teste de fezes.