Os doentes com gastroenterite que têm fezes aquosas precisam de ser tratados com medicamentos anti-infecciosos e anti-diarreicos de forma atempada. Os medicamentos anti-infecciosos podem incluir quinolonas, levofloxacina, norfloxacina, etc. Ceftazidima, cefminox, cefoperazona, etc. Os medicamentos antidiarreicos podem incluir montelukast, comprimidos antidiarreicos e probióticos, tais como as cápsulas de Bacillus subtilis diphtheriae, Bacillus licheniformis, Saccharomyces boulardii, etc. Os pacientes com gastroenterite também podem ter outros sintomas como dor abdominal, inchaço, náuseas e vómitos, que também podem ser tratados com medicação adicional.