A opção de tratamento primário para um quisto debaixo da língua é submeter-se a cirurgia. Existem geralmente dois tipos de cisto sob a língua: um cisto prelingue e um cisto sublingue, e em ambos os casos o tratamento é a remoção cirúrgica. Para o primeiro tipo de cisto lingual anterior, que se encontra normalmente na parte anterior da língua, é necessária uma cirurgia para remover o máximo possível do cisto e das vesículas glandulares circundantes, mas ainda há uma certa probabilidade de recidiva após a cirurgia. No caso de quistos sublingues, o cisto é normalmente removido juntamente com a glândula sublingual, o que reduz significativamente a hipótese de recorrência.